Wyróżniamy sześć głównych etapów biologicznego oczyszczania ścieków. Pierwszym z nich jest przesiewanie polegające na mechanicznym usuwaniu dużych cząsteczek przy użyciu urządzeń przesiewowych. Filtry mogą mieć otwory o różnych średnicach, jednak najbardziej popularne są te o wielkości 6 mm. Następnie usuwane są minerały takie jak żwir i piasek. Materiał mineralny osadza się w kanałach lub specjalnych okrągłych otworach. Biologiczne oczyszczalnie ścieków posiadają zbiorniki sedymentacyjne, do których trafia zanieczyszczona woda. Po upływie 8 godzin ulega ona stabilizacji, a większość frakcji stałej osadza się na dnie. Następnie ścieki w biologicznej oczyszczalni ścieków wpływają do zbiornika z mikroorganizmami, które mają zdolność usuwania zanieczyszczeń organicznych. Po pomyślnym zakończeniu oczyszczania biologicznego ścieki spływają do zbiorników końcowych gdzie osadza się osad wtórny. W niektórych sytuacjach wykonuje się także dodatkowy etap oczyszczania z wykorzystaniem filtrów paskowych lub filtracji mechanicznej.
